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马英九访陆第三天，星期三（3月29日）上午9时30分左右抵达侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。进馆之前，马英九身穿深色西装配戴黑色领带，手持白菊，走到遇难者纪念墙前献花、默哀致祭，随后进馆参观。

马英九并重申，两岸都应该避战、谋和，避免战争发生，研商如何避免战争，因为一旦战争发生没有任何事情可以弥补。

被追问参观结束后心情是否还未平复？马英九坦言，自己的情绪确实受到很大的冲击，中国这个民族历史上有很多灾难，从未有像对日抗战过程中，受到这么多的屈辱迫害，且这么长的时间都还没完全康复过来。

他还说，身为中国人，不管在海峡哪一边，都应自力自强，对于来自外面的欺凌要勇敢抵抗，也要从小学、中学、大学的教育，让民众了解这个重要事实，并要采取必要准备。

马英九并强调，所有的中国人都应该从这件事情上得到教训，要自立自强，才不会被人欺凌、任人宰割。

台湾前总统马英九参访南京大屠杀遇难同胞纪念馆后说，看完史料后心情备受冲击，强调所有的中国人都应该从这件事情上得到教训，要自立自强。他并再次呼吁两岸都应该避战、谋和，因为一旦战争发生没有任何事情可以弥补。

因此，他认为，中国人一方面应该要自立自强，做到不受外族入侵的能力；也要注意保持仁爱的心，不要侵害别人，“这才是我们从这过程中得到最好的教训”。

结束参访后，马英九接受两岸媒体联访时一度哽咽，并多次深呼吸。他说，过去看过一些关于南京大屠杀这段历史的书籍、照片，但从未有像今天这么大的冲击。 “这是人类历史上罕见野兽般行为，中国人成为最大受害者。所以我刚才在留言簿上写着’历史绝对不可以遗忘’。”

南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于南京市建邺区水西门大街418号，选址于南京大屠杀江东门集体屠杀遗址及遇难者丛葬地，又称江东门纪念馆，是中国首批国家一级博物馆、全国爱国主义教育示范基地、国家级抗战纪念设施、遗址名录。