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这次专项行动为期三天，福建海事局出动“海巡06”轮编队和海事执法人员，会同东海救助局、东海航海保障中心等相关力量，将对平潭对台直航集装箱航线、小三通客运航线、台湾海峡船舶习惯航路、商渔船通航密集区以及非法采砂活动多发区等水域开展巡航巡查。

台交通部航港局指出，疫后逐步恢复两岸海运健康有序交流及运作，为台方持续推动政策方向，近期小三通恢复常态化运作并扩大搭乘对象即是具体推动作法，若陆方执意采取片面作为，将对两岸正常交流制造阻碍，台方势将被迫采取相应作法，致后续衍生相关责任必须由陆方负担，当非双方所乐见。

针对中国大陆的福建海事局星期三宣布启动台湾海峡中北部联合巡航巡查专项行动，海事执法人员将对两岸直航货船、小三通客货船实施现场检查一事，台湾陆委会当晚发布新闻稿说，陆方作为是蓄意升高两岸紧张情势，影响区域和平稳定，且明显违反两岸海运协议及海事通用惯例，将对两岸间的交通正常往来产生严重不利影响，已向陆方表达强烈不满及严正抗议。

行动期间，海事执法人员对两岸直航货船、施工作业船实施现场检查，确保船舶航行安全，保障水上重点工程作业安全有序。未来两天，“海巡06”轮编队将持续在台湾海峡中北部开展巡航巡查行动。

另据央视新闻报道，由台湾海峡大型巡航救助船“海巡06”轮领衔的海事执法船艇编队星期三上午9时驶离福建海事局平潭海事监管基地，开启台湾海峡中北部联合巡航巡查专项行动。

台陆委会强调，疫后逐步恢复两岸健康有序交流，是台方持续推动的政策方向，但若陆方执意采取片面无理作为，对两岸正常交流制造阻碍，台方势将被采取相应作法，后面衍生的相关责任必须由陆方负担。

台湾的大陆委员会和交通部星期三（4月5日）深夜发文，对中国大陆将对两岸直航和小三通客货船实施现场检查表达强烈不满，并提出严正抗议。

台湾交通部航港局星期三也发布新闻稿说，已立即透过小三通及海运小两会联系管道向陆方有关单位表达强烈不满与严正抗议，并已通知相关航运业者如遇对方海警登检要求，应予拒绝，并立即通报海巡署协助戒护、应处。